Para poder seleccionar las empresas que queremos ver en los informes de Kiwi y de las cuales nos traerá datos cada sincronización que se realice debemos de seguir los siguientes pasos: 

Primero tendremos que abrir el Configurador de Kiwi (C:\ProgramData\Sage\SagePowerBI)

Ejecutamos la aplicación del configurador y seleccionamos la opción de "Empresas y ejercicio inicial" : 

Una vez accedemos a esta opción veremos un listado de todas las empresas que tenemos en nuestro Sage. Deberemos de marcar las casillas de aquellas empresas que queremos tener en nuestro Kiwi y guardar.

Las empresas que no marquemos no aparecerán en los informes.

En caso de que tengamos una seleccionada y la desmarquemos, dejará de aparecer en Kiwi después de la próxima actualización de datos, ya sea manual o bien automática.